לעתים מנוכים משכר העובד במהלך השנה ניכויי מס הכנסה בסכומים הגבוהים יותר מאלו שעליו לשלם על פי החוק. הסיבה לכך היא שבעת חישוב המס במהלך השנה, לא מובאים בחשבון נתונים שונים שמשפיעים על חישוב המס.
גובה מס הכנסה שעל עובד לשלם מחושב על בסיס שנתי (כלומר: על פי סך הכנסותיו בשנת המס). בפועל מנוכה משכרו מס הכנסה מדי חודש באמצעות תלוש השכר. הסכומים החודשיים המנוכים במס הכנסה מדי חודש נקראים "ניכוי במקור", והם מבוססים על חישוב משוער לגבי הכנסתו השנתית של העובד. מאחר שרק בסוף שנת המס ניתן לדעת במדויק מה היתה ההכנסה השנתית, ייתכנו פערים בין הסכום המדויק שהיה עליו לשלם למס הכנסה לבין הסכומים שנוכו ממנו במהלך השנה ואשר התבססו על הכנסה משוערת. עצמאים משלמים במהלך השנה "מקדמות" שמבוססות אף הן על הכנסה שנתית משוערת.
אם על פי החישוב הסופי בסוף שנת המס מסתבר שסכום המס ששילם העובד גבוה ממה שהיה עליו לשלם, הוא זכאי לקבל החזר מס.
עובדים שכירים שחישוב המס שביצע המעסיק שלהם היה שגוי (למשל אם לא הביא בחשבון את זכאות העובד להקלות במס), יכולים לקבל החזר באמצעות המעסיק ותלוש השכר כל עוד לא הסתיימה שנת המס, מבלי שיהיה צורך להגיש בקשה להחזר מס.
יש לפנות אל המעסיק ולדרוש ממנו לבצע את החזרי המס בתלוש השכר.
ניתן לדרוש זאת מן המעסיק גם אם בינתיים הסתיימה ההעסקה של העובד, וזאת בתנאי ששנת המס טרם הסתיימה. (מעסיק רשאי להפיק תלוש שכר גם לאחר סיום ההעסקה, שבמסגרתו ישולמו הפרשי שכר והחזרים שונים, שלהם זכאי העובד בשנת המס הנוכחית).
לעומת זאת, אם כבר הסתיימה שנת המס, יוכל העובד לקבל החזר רק באמצעות הגשת בקשה החזר מס הכנסה, בתהליך שתואר לעיל.
ישנן זכויות נוספות שכדאי לנצל עוד במהלך שנת המס וחשוב לממש אותן לפני שמסתיימת השנה. למידע נוסף ראו מדריך מיצוי זכויות לקראת סוף השנה האזרחית.